解放前为清溪乡9保。
解放后，1952年民主建政为清溪乡六村，1958年为红旗公社十九管理区，1961年编为清溪公社十二大队，1983年公社改乡为清溪乡檬子垭村。
1992年9月，扩建镇的建制，将清溪乡划归周口镇管辖，为周口镇檬子垭村。
2006年6月再次调整乡镇行政区划，将周口镇所辖区域并入相如镇，为相如镇檬子垭村。
2020年，村级建制调整，撤销檬子垭村、杨家桥村，合并设立檬子垭社区（蓬安府发〔2020〕6号）。