解放前属秉彝镇第9保，1951年属新华乡，1956年划入大桥乡，1958年属新华管理区，1961年改为新华大队。
1981年改为吴家坝大队。
1984年由大队改吴家坝村，2006年并入新市镇。
根据2020年5月14日屏山县人民政府关于同意新市镇行政村建制调整改革方案的批复（屏府函〔2020〕43-4号），撤销吴家坝村、红旗村，新设立吴家坝村，确定为三类村。
建制村范围为原吴家坝村、原红旗村，办公地址设在原吴家坝村党群服务中心。