1949年为兴隆乡第8保；1950年为兴隆乡农协会第8分会；1951年土改建政，成立兴隆乡人民政府，为兴隆乡第8村；1954年名翻身村；1958年成立人民公社，为兴隆人民公社第11耕作区；1959年因避重名，兴隆人民公社更名为两路口人民公社，为两路口人民公社第11耕作区；1961年体制下放时，为两路口公社第11生产大队；1980年地名普查时，命名为马祖大队；1983年改公社为乡，大队为村；命名为马祖村。
1988年11月两路口撤乡建镇，属两路口镇；2005年8月两路口镇更名为马祖镇，属马祖镇至今。