清顺治年间（1644~1661年），属巴州长乐乡。
道光二年（1822年），属太平县七乡。
民国三年（1914年），太平县改名万源县。
民国二十二年（1933年），红军建区苏维埃和2个乡苏维埃，属红胜县苏维埃。
民国二十四年（1935年）3月，改为石窝镇。
民国二十六年（1937年），赶场坝联保处并入石窝镇。
民国二十九年（1940年），改乡公所。
1950年12月，成立石窝乡，属黄钟镇。
1951年3月，改属草坝区。
1958年3月，改为金山公社。
1964年，更名石窝公社。
1983年2月，公社改乡。
2015年12月，撤石窝乡建石窝镇。