解放前属绥靖乡第10保。
1950年改名第10村。
1952年划归靖华乡（后改靖远乡）。
1953年属靖和乡。
1958年建立花祠大队，属龙会乡人民公社靖和管区。
1961年属靖和乡人民公社。
1968年属靖和公社。
1978年属华场公社靖和片。
1980年又属靖和公社。
1984年更名花祠村，属靖和乡。
1991年花埝村并入，名称仍旧。
1992年改隶靖和镇。
2019年行政区划调整改革，靖和镇并入东联镇，归属东联镇管辖，2020年村级建制调整花祠村与三望村合并东联镇花祠村，并沿用至今。