1949年前隶属龙灵乡9保。
1951年改保甲制为村，1953年属农林乡9村。
1958年改为农林公社9大队。
1966年更名旭日公社9大队。
1970年，将原1队分为1组队和9队。
1971年复原名。
1981年地名普查时命名为农林公社方家沟大队。
1983年定名农林乡方家沟村。
1992年撤乡建镇时改为万善镇方家沟村。
1994年复乡，复名农林乡方家沟村。
2004年7月更名为宝箴塞乡方家沟村，2014年10月更名为宝箴塞镇方家沟村。
2020年5月双河口村、榆林村并入。