子云村1949年前属于龙溪乡三保和三元乡七保，1950年后属于龙溪乡前进村、三元乡子云村和金龙村的部分。
公组化时期的1962年将原子云村和金龙村的部分区域调整为第五大队。
1981年改为子云大队，1984年定名为子云村。
2004年9月，清河镇域友爱镇合并为友爱镇，2005年6月的撤组并村改革中，原金龙村、子云村合并为子云村。
2020年5月，村组优化调整，原子云村，原白鸽村合并为子云村。
2020年村社区调整，同意将子云村和白鸽村合并，设立子云村村民委员会。
郫府函〔2020〕90号。