民国时期，为南充县扶君乡第7保。
1950年，为扶君乡第7村。
1958年，为多扶人民公社第14大队。
1961年，为扶君人民公社第7大队。
1966年，立新人民公社第7大队。
1972年，为扶君公社第7大队。
1981年，地名普查时为泥巴寺大队。
1984年，人民公社改制为乡时将该大队更名为泥巴寺村。
2019年，撤销扶君乡和金山乡，将其所属行政区域划归多扶镇管辖（南府函〔2019〕76号）。
2020年4月，泥巴寺村、雷家沟村、黄家沟村合并设立泥巴寺村（西府发〔2020〕7号）。