1949年12月28日盐亭解放。
1950年建立城关（厢）乡人民政府。
后改名为城关镇。
1982年全国地名普查，因有云溪河流经镇境，又有杜甫著名的“云溪花淡淡，春廓水冷泠”的诗句而定名为“云溪镇”。
1951年12月16日，城关镇人民政府于东街华华巷内（今云溪派出所），属城关区人民政府领导。
辖东街、南街、北街三个居民委员会和一个城关村。
共34个居民小组，868户，3514人。
其中农业户109户，422人。
1956年5月20日，改城关镇人民政府为城关镇人民委员会，仍管辖原来的地区。
人口增加到881户，6566人。
1961年，城关镇人民委员会迁至新西街盐工诊所，同年又再次迁至东门的吴家祠（原敬老院）。
为县人委直属机关。
所辖城关村改名为城郊大队（又名蔬菜大队）。
1968年4月7日，成立城关镇革命委员会。
1981年3月，复称城关镇人民政府，所辖各街道恢复居民委员会，城郊大队改名为城郊村。
1982年3月，改名为云溪镇后，所辖地区由原来的三个居民委员会扩大为东街、南街、北街、新西街、凤池街五个居民委员会和一个城郊村。
共有2970户，13644人，其中农业人口572人。
1992年10月撤区并乡建镇，撤销原凤灵区公所，新设云溪镇，将原龙江乡、七宝乡、临江乡、新农乡整乡和原堠溪乡的指南村并入，共有7个居民委员会，28个村民委员会，新设城东社区和梓江社区(原盐亭丝厂片区)。
1995年1月，建置调整，新农乡撤出单列，云溪镇管辖原城区、龙江、七宝、临江乡和指南村。
2003年12月设文同社区；2004年8月城郊村改村设居，称弥江社区；2006年指南村改村为居委会。
2008年月园村划归县工业园区。
2011年临江村划归县工业园区。
2013年底云溪镇共有13个社区居民委员会(红光、石龙、石岭属村改居)、14个行政村。
社区是东街、南街、北街、新西街、凤池、文同、弥江、城东路、指南、梓江、红光、石岭、石龙。
行政村是先锋、河溪、咸水、万安、三义、复兴、石牌、三清、阳山、海门、昝家、大埝、东一、石坎。
2014年底经县政府批准云溪镇又新设立云盘、滨江两个社区。
2017年2月，盐亭县撤销新农乡，将其所属行政区域划归云溪镇管辖，云溪镇人民政府驻凤池街8号。