1949年前为坪滩乡第三保。
1949年为坪滩乡三村。
1957年合作化时期为光辉合作社。
文革期间为红星公社三大队。
1981年地名普查为坪滩公社马家沟大队。
1984年体改为坪滩乡马家沟村。
1985年撤销坪滩乡，设立坪滩镇，为坪滩镇马家沟村。
1992年，撤坪滩区，保华乡、嘉陵乡并入坪滩镇，为坪滩镇马家沟村。
1994年，坪滩镇析出嘉陵乡，为坪滩镇马家沟村。
2004年狮子盖村并入。
2020年5月，义学堂村并入。