清朝，属西关乡伏江上二里。
民国初年，名清溪场，属西关乡。
民国十年（1921年），设清溪乡，属第二区。
民国十八年（1929年），属第三区。
民国二十九年（1940年），石龙、同兴2乡并入。
民国三十年（1941年），石龙、同兴2乡析出。
民国三十一年（1942年），属第六指导区。
民国三十四年（1945年），属第四指导区。
民国三十六年（1947年），与石龙乡合并为清石乡。
1950年，石龙乡析出，属第五区。
1952年，南充县浸水乡第八、九、十村划入。
1955年，改名清溪乡，属兴隆区。
1959年，撤乡。
1963年，设清溪乡。
1966年10月，改为国强公社。
1971年，更名清溪公社，属兴隆区。
1981年，更名秦溪公社。
1984年3月，公社改乡，属兴隆区。
1992年9月，撤兴隆区，与铺芽、团结2乡合并为秦溪镇。
1994年6月，团结乡析出。
2019年12月，撤销团结乡，将其所属行政区域划归秦溪镇管辖。