解放前属太平乡六保，一部分解放后为六农会，由兴隆、双院两村和矛氏村的一半组成，至高级社时，统称双院村。
1959年称双院管区。
1962年从郊区（沿滩区）舒坪公社划出高峰、龙神、考举、河山、罗冲、肖家、双院7个管区组建高峰公社，双院大队是7个大队之一。
1966年曾更为“反演变”大队，大队群众习惯使用而自行废除。
1983年撤队称村，双院大队更名为双院村。
2005年8月1日随高峰乡划归自流井区，2020年5月11日将肖庙村合并到双院村，属高峰街道管辖至今。