清光绪二十一年（1895），袁世凯在小站练兵期间，将小站改名为新农镇，辛亥革命后复名小站。
1948年12月解放，为小站镇驻地。
1949年1月天津解放，属天津县第六区。
1953年设小站镇，属天津市津南郊区。
1958年9月划入天津市河西区，为小站人民公社。
1959年3月属天津市河西区，为小站人民公社小站管理区。
1961年12月属天津市南郊区。
1964年小站公社析置小站镇。
1966年小站人民公社改为红旗人民公社；小站镇改名工农镇。
1968年3月成立小站镇革命委员会。
1983年撤销公社建制改为小站乡。
1985年6月30日乡镇合并为小站镇。
1992年3月6日属天津市津南区。