唐朝李世民东征高丽曾在此驻军,在别山东筑有姜须城。
辖区在清道光年间(1831)分属仁智乡里,上负鼎里;清末,分属仁智乡里山前乡保,山后乡保,上负鼎里纪各庄乡保。
民国时期建别山镇,属六区,其余村庄分属王杠庄乡,小八沟乡,徐各庄乡,鲁庄子乡。
1912年为区工所驻地,1942年为伪“区公所”驻地,1942年建伪“别山镇”。
1949年后,仍属六区;1953年建别山乡。
1958年属溵溜公社,设别山、王杠庄两个管理区;1959年将楼上乡、爱国乡、和平乡、大官场乡并入。
1960年,别山等36个村划归玉田县,1962年复归蓟县,改为别山公社。
1983年改公社为乡,2002年撤乡并镇,将翠屏山乡一块并为别山镇。