辖区在清道光十一年（1831年）后，分属上醴泉里三家店乡保、马伸桥乡保、尚义里东保乡保。
民国时期，分属二区穿芳峪乡、三家店乡、牛各庄乡。
1949年建国后，属第二区。
1953年建果香峪、穿芳峪、大辛庄、张丁庄，马伸桥5个乡。
1956年撤区并乡，合并为穿芳峪、马伸桥两个乡。
1958年属马伸桥公社，设穿芳峪、刘相营两个管理区。
1961年合并为穿芳峪公社，1983年改穿芳峪乡，2011年，撤穿芳峪乡，设立穿芳峪镇。