战国时期，本镇属燕国。
公元446年，北魏王朝拓拔氏入主幽州，濒海地区因海侵人口锐减，村落荒废，朝廷提出“凡不足百户县者罢之”，故“省泉州入雍奴”，该地属雍奴县所辖。
唐天宝元年（742），雍奴县更名武清，高村属武清县。
宋辽对峙时期，高村属辽国，金朝与南宋对峙时期，高村地区属金朝武清县。
元朝属漷州。
明初，高村属顺天府。
燕王扫北，本镇村庄又增多四村。
清朝乾隆七年武清县县境全图记载，高村镇区域属通州区管辖。
1937年日寇侵占武清后改编为乡制。
1939年分别属于武清县第一区利尚屯乡和第二区高村乡和牛镇乡。
1940年实行县公署乡制，本镇属武清第二区被编为两个乡，牛镇乡和高村乡。
1948年11月份解放，属武清第六区，1949年调整区划，改为第四区，1950年8月改称第三区，1952年改称第八区，1957年撤区并乡建高村乡。
2013年6月撤乡建镇为武清区高村镇。