汉代为疏勒国地，属西域都护府。
唐代属疏勒都督府。
清光绪二十八年（1902）属伽师县。
1938年，置设置局，从伽师县划出阿图什、阿湖两庄，疏勒县划出上阿图什庄，归阿图什设治局辖，设治局驻买谢提村。
1943年1月1日成立阿图什县，归喀什都督专署所辖。
1952年，又将伽师县的吐古买提、哈拉峻、格达良三乡划归阿图什县，县机关迁至阿图什，隶属喀什专区。
1954年7月14日，成立克孜勒苏柯尔克孜自治区后，归克孜勒苏柯尔克孜自治区管辖。
1955年归克孜勒苏柯尔克孜自治州管辖。
1986年10月，撤县设市。