汉神爵三年（前59），西域都护府的设立使其正式纳入祖国版图。
盛唐时期，县境分属于大漠、阴山都督府管辖，隶北庭都护府。
元代属别失八里行省。
清乾隆二十八年（1763），县境以乌伦古河为界南北分属于伊犁将军府和乌里雅苏台定边左副将军治下的科布多参赞大臣管辖。
同治六年（1867），设布伦托海办事大臣辖理。
光绪年间，设布伦托海屯局。
光绪三十一年（1905），科（科布多）、阿（阿尔泰）分治，县境归属阿尔泰办事大臣管辖。
1914年，设布伦托海县佐。
1919年，阿尔泰划归新疆省，置阿山道。
1922年，正式建县，名布伦托海县，隶阿山道。
1942年，改名福海县，隶属阿山行政区。
1950年，属阿山专区，全县设2区，1直属乡。
1954年，属阿勒泰专区。
1970年，属阿勒泰地区。
1985年，辖1镇、5乡、1场。