汉代为匈奴地。
隋属西突厥。
唐隶北庭都护府，元为蒙古诸王封地。
清代先后隶属科布多参赞大臣、阿尔泰办事大臣管辖。
1919年，阿勒泰改隶新疆，属阿山道布伦托海县佐。
1937年，始设可可托海设治局，隶属阿山行政区，驻地可可托海。
1941，升为县，定名为富蕴，隶属阿山行政区，县政府设在可可托海。
1950年，富蕴县成立，隶属阿勒泰地区管辖。
1954年属阿勒泰专区。
1958年成立高潮公社、幸福公社、红旗公社、永红公社，成立吐尔洪一牧场、喀拉布勒根二牧场。
1984年，成立库额尔齐斯镇、可可托海镇，成立克孜勒希力克乡、库尔特乡、铁买克乡、吐尔洪乡、杜热乡、喀拉布勒根乡。
2002年，成立恰库尔图镇。