喀什全称“喀什噶尔”，有文字记载的历史2000多年。
前60年，汉朝在乌垒（今轮台县东野云沟南）设置西域都护府后，喀什作为西域一部分，正式纳入中国版图。
南北朝至隋代，今喀什地区境内主要有疏勒、朱俱波、渴盘陀等国，多次遣使至中原朝贡。
唐显庆三年（658年），唐朝在平定西突厥阿史那贺鲁之乱后，在疏勒设置都督府，府下设15个州，范围囊括今喀什地区全境及克孜勒苏柯尔克孜自治州，地域辽阔，为当时有名的“安西四镇”之一。
它曾有力地维护了西域与内地在政治上的统一，保障了盛唐时期“丝绸之路”的畅通。
喀喇汗王朝建立后，这里为其东部重镇和陪都，“喀什噶尔”一名从此显见于史籍。
庆历元年（1041年）前后，喀喇汗王朝分裂为东、西两部，东喀喇汗王朝建都于喀什噶尔，今地区辖境属汗国近畿之地。
1218年后，今喀什地区境内成为蒙古汗国的辖地。
淳口十二年（1252年），蒙古设立别失八里等处行尚书省，喀什噶尔等城受其管辖。
1514年，叶尔羌汗国建立，今喀什地区为其核心区域和政治、经济、文化中心。
乾隆二十四年（1758年），清朝在平定大小和卓之乱后，在喀什噶尔设“总理回疆事务参赞大臣”，管理南疆八城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔）事务。
光绪九年（1883年）设置喀什噶尔道。
1929年改喀什道为喀什行政区。
1943年设喀什督察专区。
1949年设喀什专区。
1954年成立南疆行政区。
1956年恢复喀什专区。
1970年改称喀什地区，沿用至今。