新中国成立初，石人子沟村为迪化第一区（东区）芦草沟地区石人子沟乡管辖，1958年5月，改隶米泉县东风公社第二大队。
1960年11月，乌鲁木齐县芦草沟公社管辖。
1984年命名为石人沟村。
1988年11月，石人子沟村由东山区芦草沟乡管辖。
2007年6月，石人子沟村属“水磨沟旅游风景风景区办公室”管辖。
2012年1月，石人子沟村隶属于水磨沟区水磨沟街道“农村事务管理办公室”。
2013年12月，石人子沟村属石人子沟街道，沿用至今。