吐蕃时期，昌都地区是东女国和苏毗部所在地。
元至元十七年（1280年，藏历第五饶迥铁龙年），元朝在今昌都市贡觉县设“朵甘思宣慰司”，在今昌都市芒康县设“亦思麻尔甘军民万户府”。
辖西藏昌都市、那曲市东部以及青海、四川、云南藏区地方。
明洪武七年（1374年，藏历第六饶迥木虎年），明朝政府将“朵甘卫”升为“朵甘卫指挥使司”，其辖区为今昌都市和那曲市的索县、巴青、比如、嘉黎，以及青海省玉树州，四川省甘孜州、阿坝州、云南省迪庆州等藏区。
是年，又增设“朵甘思宣慰司及招讨司”。
明永乐十三年（1415年，藏历第七饶迥木羊年），明朝在丁青、边坝等地增设了“上邛部卫，命头目掌巴伯为指挥使”。
清顺治四年（1647年，藏历第十一饶迥火猪年），理藩院将原由蒙古王东宫武藏统治的三十九族范围收归直接管理。
清雍正四年（1726年，藏历第十二饶迥火马年），清中央政府组织四川、云南、西藏三方进行地界勘定。
将现贡觉、左贡、芒康、卡若、洛隆、科麦（均在今昌都市）、察隅（在今林芝市）等地划归西藏，将中甸、阿墩子（德钦）、维西等地划归云南，将巴塘、理塘、康定、德格等地划归四川。
清雍正九年（1731年，藏历第十二饶迥铁猪年），清中央政府对黄河源以南的七十九部族进行了划分，将其中的三十九部族划归西藏。
其中一部分在今昌都市丁青县。
清乾隆十六年（1751年，藏历第十三饶㢠铁羊年），清中央政府将三十九部族和达木蒙古八旗，以及今昌都市的芒康、贡觉、边坝、洛隆等地划归驻藏大臣直接管辖。
清宣统元年（1909年，藏历第十五饶迥土鸡年），赵尔丰将察木多、乍丫、江卡划归巴安府管辖。
是年6月，德格吐司多吉僧格在赵尔丰的压力下，“情愿将德格全境人民、土地纳还朝廷”，于是对德格吐司的辖区进行“改流”。
1912年（藏历第十五饶迥水鼠年）6月，袁世凯电令四川都督伊昌衡、云南都督蔡锷帅兵从川、滇入藏平乱。
9月，川军先后攻克贡觉、武城、同普、乍丫、宁静等地。
随后以康定为首府，划西康为两道，设五区，其中昌都为第五区。
1918年（藏历第十五饶迥土马年），藏军攻占昌都，随后西藏地方政府在昌都设立“朵麦基巧”。
1939年1月（藏历第十六饶迥土兔年），民国中央政府在今四川省康定设立西康省，将昌都、武城、察雅、盐井、察隅、硕督、太昭、恩达、九集、贡县、宁静、科麦、嘉黎、同普等地方划入西康省。
1943年（藏历第十六饶迥水羊年），西藏地方政府在藏北及昌都市西北部的丁青、洛隆、边坝等地推行宗谿制度。
1950年10月，中国人民解放军进驻昌都。
1951年1月，昌都地区召开第一届各族各界人民代表会议，昌都地区人民解放委员会宣告成立。
1956年9月，昌都地区人民解放委员会代行西藏自治区筹备委员会昌都基巧办事处职权。
1959年4月，国务院命令撤销“昌都地区解放委员会”及其所属“各宗解委会”；解散各宗宗政府。
4月以后，各宗相继成立县人民政府。
1960年1月，经国务院批准，设立昌都专员公署。
1965年9月，西藏自治区成立后，昌都专员公署受其领导；1969年4月，昌都地区革命委员会设立。
1970年11月，经国务院批准，昌都专区更名为昌都地区。
1978年11月，撤销昌都地区“革委会”，设立昌都地区行政公署。
2014年10月，《国务院关于同意西藏自治区撤销昌都地区设立昌都市的批复》（国函〔2014〕143号），同意撤销昌都地区设立昌都市。