清康熙二十五年（1686年），西藏地方政府设立噶本机构，昆莎部分区域属阿里噶本直属区，部分区域属那如本和左左本管辖，当时昆莎是阿里噶本冬季驻地。
1951年，阿里和平解放以后，昆莎曾作为中共阿里分工委和阿里骑兵支队驻地，至1966年一直是阿里政治、军事中心。
1960年，成立昆莎乡。
1961年，在索麦村二组建立昆莎区公所。
1984年—1985年，昆莎区公所（今昆莎乡人民政府驻地）从索麦二组搬迁到郭拉则松山脚下，距阿里地区驻地狮泉河镇58千米。