6世纪前，西藏先后出现“十二邦”和“四十小邦”。
今林周县境内有“额布查松”邦和“耶热宇西”“龙若亚松”两个小邦。
“额布查松”是“十二邦”之一，其中心为今江热夏乡斯木巴村一带（有城堡遗址）。
3个邦的辖境包括今林周县、达孜区部分地区及城关区蔡公堂街道。
5世纪末6世纪初，该区域改名为澎域。
7世纪初，悉补野第32代赞普松赞干布建立统一的吐蕃政权后，将吐蕃全境划分茹、东迪、域参等地方机构。
今林周县境内为卫茹辖地，卫茹设有10个东迪（千户所）和18个域参（村级行政机构），其中澎域境内设有4个东迪和3个域参。
9世纪后叶，吐蕃政权崩溃后，西藏处于割据状态，以萨凯（故址在萨塘，古称“澎域萨莫岗”，今译作“撒当”，属今林周县卡孜乡改布村）为中心形成林周县南部地区最大的地方割据势力，由卓、玛两氏族统治。
北宋嘉祐二年（1057，藏历第一饶迥火鸡年）和南宋淳熙七年（1180，藏历第三饶迥铁鼠年），在今林周县境内先后建立藏传佛教噶举派热振寺、达龙寺，两座寺逐渐成为澎域北部地区很有影响的政教合一力量，尤其是达龙寺成为统治一方的地方政教势力。
元朝，中央政府设万户制管理西藏地方，林周县北部大部分地区归达龙寺管辖，其余地区基本上由“止贡万户”统治。
元末、明代，中央政府承认帕木竹巴势力管理西藏地方事务，绛曲坚赞在西藏实行宗豁制度，设13个大宗，在林周设立伦珠宗（今译林周，宗治所在今县城附近），为新建13个大宗之一。
此后较长时期，今林周县南部由达龙寺控制的伦珠宗管理，而北部地区则由达龙寺控制的旁多宗管理。
明崇祯十五年（1642，藏历第十一饶迥水马年），在蒙古汗王固始汗的支持下，第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措建立甘丹颇章地方政权，旁多宗、伦珠宗归其管理。
清康熙十八年（1679，藏历第十一饶迥土羊年），西藏地方政府在澎域设立伦珠、萨拉、卡孜、朗塘、旁多、达孜6个宗，管理澎域全境，直至20世纪50年代。
其中，伦珠宗管辖范围最大。
1951年，西藏和平解放，根据《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》中所明确的“对西藏现行政治制度，中央不予变革”的规定，保持西藏地方在林周境内原有的宗及豁卡的政治体制。
1954年，西藏地方政府设立“卫区”，今林周县境内设有撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁、林周宗。
1956年8月，西藏自治区筹备委员会设立拉萨基巧办事处，林周县境内的林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁，均由拉萨基巧办事处管辖。
1958年，噶厦在今林周境内设基巧（总管）一职，派一名五品俗官出任基巧，今林周县辖境分属于伦珠、撒当、卡孜、朗塘、旁多、达孜6个宗豁。
1959年10月，西藏实行民主改革，国务院批准解散西藏地方政府，西藏自治区筹备委员会撤销拉萨基巧办事处，设立拉萨市，林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁划归拉萨市管辖。
1960年1月，撤销林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁，合并设立林周县、旁多县。
同年，经自治区筹备委员会批准，在原朗塘所辖地建澎波农场，并将卡孜区合并到澎波农场，场部设在甘丹曲果，由西藏军区农垦建设师领导，达孜县代管。
林周县辖唐古、德仲、撒当、阿朗4个区。
1962年10月，撤销旁多县，其行政区域并入林周县。
1971年，林周县人民政府驻地由甘丹曲果迁至旁多。
1984年10月，西藏自治区将自治区农垦厅林周农场退场还民移交林周县，开始了撤社建乡工作，1988年6月，拉萨市委、市政府将由达孜县代管的彭波区下设的10个乡，交由林周县管辖，1988年，林周县政府亦由原驻地旁多乡区搬迁至甘旦曲镇。