“十二邦”时期，隶属“额布查松”，王名公赤森布杰。
7世纪初，被雅砻悉补野囊日伦赞占领，将墨竹地方赏赐给韦氏族。
南宋淳熙六年（1179，藏历第三饶迥土猪年），仁钦贝在此兴建止贡寺，止贡噶举派在此兴起。
南宋嘉熙四年（1240，藏历第四饶迥铁鼠年），蒙古将领多达那波率部抵达墨竹，止贡派归附蒙古汗。
元朝萨迦政权时期，在今墨竹工卡境内设“止贡”“加麻”两个万户府。
元至正十四年（1354，藏历第六饶迥木马年），止贡派配合帕木竹巴、雅桑等派，推翻萨迦政权，建起帕木竹巴政权。
明朝帕木竹巴政权在墨竹地方设“加麻都指挥使司”，治所在今墨竹工卡县甲玛乡。
明崇祯十五年（1642，藏历第十一饶迥水马年）后，甘丹颇章政权设墨竹工卡宗。
清乾隆十七年（1752，藏历第十三饶迥水猴年），西藏地方政府将止贡划入墨竹工卡宗。
1954年至1959年，墨竹工卡宗由卫区管辖。
1960年，撤销墨竹工卡宗，设立墨竹工卡县。