13世纪蒙古军队进入藏北地区，占据那曲，称之为巴尔达金格尔宗，元朝中央政府在藏北地区设有驿站，管理过往邮差事务和地方事务。
17世纪中叶，甘丹颇章地方政权时期，那曲县先由蒙古和硕特部落首领固始汗统治，后归西藏地方政府管辖。
清乾隆十五年（1750，藏历第十三饶迥铁羊年），中央政府派兵平息珠尔默特那木扎勒事件后，在那曲建立坎襄宗，属西藏地方政府管辖，由堪布和部落首领行使管理权。
乾隆三十九年（1774），坎襄宗更名为黑河宗。
1920年，西藏地方政权在那曲设绛曲基巧（黑河总管），黑河宗归绛曲基巧管辖。
1956年11月，成立黑河办事处，属黑河基巧办事处管辖。
撤销黑河、朗如2个宗和恩果、新格尔2个溪，设立黑河、安多、班戈县。
1960年1月，国务院正式批准撤销黑河宗设置黑河县，隶属那曲专区。
1965年11月，黑河县更名为那曲县。
2017年7月，撤销那曲地区，设立地级那曲市，那曲县改置为那曲市色尼区。