七世纪前期，松赞干布设置乌如、叶如、如拉三个行政区域。
当时聂拉木地区划归叶如。
元至元十三年（1276），八思巴在前后藏新建十三个万户区，聂拉木属后藏拉堆洛万户，属阿里管辖。
元至正十四年（1354），西藏萨迦王朝内讧，帕木竹巴政权绛曲坚参进攻萨迦，并在乃东建地方政权，聂拉木地方归属该政权。
明朝命乌斯藏境内复驿站，聂拉木属藏区最南端的一个驿站。
从此，聂拉木地区正式作为乌斯藏的一个行政区，受帕木竹巴政权管辖。
17世纪中叶，噶丹颇章政权沿袭“宗谿”制，设立聂拉木宗、绒辖谿。
清乾隆十六年（1751），废除西藏的藏王制，正式建立地方噶厦政府。
与此同时，聂拉木地区直接由噶厦政府管理，并在聂拉木设立雪巴机构（相当于县级），主要从事聂拉木地区的税收、边境管理等工作（源自《藏族简史》）。
清乾隆五十二年（1787年6月，藏历水羊年），廓尔喀兵入侵西藏占聂拉木地区，直逼协嘎尔。
清乾隆五十七年（1792），清朝派兵击退廓尔喀军，随后，聂拉木地区失地收回，由西藏地方政府管辖。
1952年，十世班禅额尔德尼返藏，恢复地位和职权后，就出现了噶厦辖区、班禅堪布辖区和昌都人民解放委员会三个行政单位辖区。
1960年1月，经国务院批准，撤销聂拉木宗和绒辖谿，合并设置聂拉木县，属日喀则专区管辖，同年5月成立县人民政府。
1970年，改属日喀则地区管辖。
1984年，聂拉木县实行政社分开，撤销15个人民公社，建立15个乡人民政府，同时建立49个村委会。
1999年，为适应经济建设和发展小城镇的形势需要，经自治区批准，县城驻地充堆乡改设为聂拉木镇。
全县行政区划为5乡2镇，45个村（居）委会。
2014年，日喀则地区撤地设市，聂拉木县改属日喀则市管辖。