“十二邦”时期，今日喀则市境内由数邦分裂割据。
今江孜、白朗一带是娘若切噶尔的辖区；仁布一带是努域灵古辖区；康马一带归杰耶芒布王；定结、亚东、岗巴一带隶属斯布域仲杰那囊王；南木林县邬郁一带由欧杰素擦王统治。
吉隆、萨嘎、仲巴等地归象雄阿尔巴管辖；萨迦、拉孜、定日、昂仁等地由藏博玛尔蒙统治。
7世纪中叶，松赞干布建立吐蕃政权后，在今日喀则市辖区内设“叶茹”与“如拉茹”两茹。
9世纪中叶，吐蕃政权崩溃后又陷入分裂割据状态。
10世纪初，贝科赞在仲巴拉孜建立王朝。
至其孙白德时，以今吉隆县贡当为中心，形成“贡塘王系”。
贝科赞之孙吉德一族占据年楚河流域，形成“卓地王系”。
北宋熙宁六年（1073），萨迦派（花教）在萨迦兴起。
宣和三年（1121），琼波南交在南木林香地方修建香寺，香巴噶举派在后藏兴起。
13世纪中叶，蒙古汗（后为元朝）在西藏设立乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，其中“藏”指吐蕃时期的叶茹、如拉茹两翼，相当于今日喀则市的辖区。
南宋景定四年（1263），萨迦白兰王恰那多吉，返回萨迦，建立萨迦政权，总管乌思藏军民事务。
南宋咸淳四年（1268），萨迦本饮释迦桑布对乌思藏进行户口清查，实行“13万户”政区建置。
后藏地区设有7个万户府。
14世纪中叶，萨迦政权走向崩溃。
元至正十四年（1354，藏历第六饶迥木马年），帕木竹巴派取代萨迦巴建立了帕木竹巴地方政权，取得了对乌思藏大部分地区的统治权。
但萨迦本土仍由萨迦万户管辖。
明廷在仁蚌（仁布）设“领司奔寨行都司”。
此外，帕木竹巴政权在乌思藏地方实施“宗溪”制度，相继建立了13个大宗。
15世纪30年代始，仁蚌巴家族以仁蚌宗为政权中心，统治了后藏地区的大部分宗溪。
16世纪中叶，辛厦巴·才旦多吉联合后藏西部势力，推翻了仁蚌巴家族的统治，控制了仁蚌巴家族统治的区域，自称“藏堆杰波”（后藏之王）。
史称“第巴藏巴汗政权”。
至其孙噶玛丹迥旺波执政时，以今桑珠孜区为中心，乌思藏大部分地方归其治下。
明崇祯十五年（1642），噶丹颇章政权推翻了“第巴藏巴汗政权”。
后藏地区大部分宗溪属噶丹颇章管辖。
清康熙五十二年（1713），清廷将后藏的拉孜、昂仁、彭措林、岗巴、达木萨迦、谢通门、梅康萨、达那仁钦则、兰伦绕等宗溪赐予五世班禅罗桑益西管辖，并准予世袭。
清乾隆十六年（1751），正式建立西藏地方政府。
清乾隆五十八年（1793），清廷在《藏内善后章程二十九条》中明令西藏的济咙（今吉隆）、聂拉木、绒夏、喀达、萨噶、昆布等地区，在与廓尔喀疆土边界处树立界碑。
1921年，西藏地方政府设基宗，管理后藏地区。
1923年冬，十三世达赖令西藏地方政府掌管了班禅所辖寺院及其政区。
1951年5月，中央人民政府与西藏地方政府签订《和平解放西藏办法的协议》（十七条协议），恢复了十世班禅额尔德尼固有的地位和职权。
1953年，政务院批准设立“班禅堪布会议厅”，管辖十世班禅额尔德尼属区的一切政教事务。
1954年，西藏地方政府设藏区总管，管辖日喀则宗等21个宗溪。
1956年8月，自治区筹委会设立江孜基巧办事处。
1956年9月，西藏自治区筹备委员会设立日喀则基巧办事处。
1959年10月，成立日喀则专区。
1965年9月，西藏自治区成立，同时成立日喀则专员公署。
1970年11月，日喀则专区更名为日喀则地区。
2014年6月，撤销日喀则地区设立地级日喀则市，原县级日喀则市改设桑珠孜区。