元朝时索县这一带称为“索格”。
8世纪中叶，苏毗与吐蕃统一，索地方划归“苏毗茹”辖区。
9世纪中叶，吐蕃陷入分裂割据，索地方属于藏北四大部落之一。
南宋宝庆三年（1227），蒙古汗霍尔金格对藏北实施军事统治。
在索境内形成“索巴”“军巴”“荣布”等三个部落，并与三十九族地区的一些部落结盟，形成了42个部落，俗称“四十二族”。
明朝先后归附蒙古土默特部俺达汗、喀尔喀部却图汗。
明崇祯十年(1637)，索县三大部落又归附于蒙古和硕特部固始汗，十五年，噶丹颇章政权建立后，归属固始汗氏族统治。
五世达赖时期，固始汗将索县三大部落赠给五世达赖作为溪卡。
清雍正十年（1732），清廷将索地方的三大部落划归西藏地方政府管理。
清乾隆十七年（1751），清廷将索地方的三大部落划归驻藏大臣管辖。
索县三大部落归由驻藏大臣直接管辖。
1916年，在索巴部落建立索宗，归“霍尔基巧”管辖。
1941年，西藏地方政府撤销“霍尔基巧”索宗归“羌基巧”管辖。
1951年8月，昌都地区人民解放委员会第一办事处成立，索宗隶属其管辖。
1956年10月，成立了索宗党委，隶属昌都分工委丁青中心县委领导。
1957年2月，索宗由黑河基巧办事处代管。
1959年7月，索宗由昌都专区划归黑河专区，并撤销索宗，设索县。
1960年1月，经国务院正式批准，撤销索宗，设立索县，隶属黑河专区。
1970年，隶属那曲地区。
2017年7月18日，国务院批准撤销那曲地区设立地级那曲市，索县属那曲市管辖。