7世纪前，亚东地区隶属“斯布域仲巴那囊王”辖区。
7世纪中叶，吐蕃政权将亚东一带划入“如拉茹”辖区，设千户司等行政机构。
9世纪中叶，吐蕃陷入分裂割据，亚东地方由桂氏统治，史称“上部桂域”。
13世纪，元朝萨迦政权时期，由于第一任江孜法王囊钦帕巴贝桑征战“夏尔同、洛同”，收复洛扎、亚东等地有功，萨迦政权将该地赏给为其领地，从此确立了江孜法王对亚东的统治，在帕里专门设立“帕里南木杰宗”，统管亚东一带。
17世纪中叶，清朝甘丹颇章政权设立“帕克里宗”“亚东溪”，委派两名俗官掌管亚东地区。
1913年至1921年，西藏地方政府在下司马专门设立“卓木基巧”，设置“帕里宗”料理商务和政务。
1960年1月，撤销亚东溪和帕里宗，合并设置亚东县，隶属江孜专区。
1964年5月，撤销江孜专区，亚东县划归日喀则专区。
2014年6月，撤销日喀则地区，设立地级日喀则市，亚东县隶属日喀则市。