清属东川府集义乡。
民国属会泽县拖布卡区温泉乡，1952年属会泽县新村区炭棚乡。
1956年划规东川矿区，属新村区营棚乡，1958年属东川市，1959年属碧谷人民公社，1961年属营棚公社，1963年属炭棚人民公社，1965年与营盘公社合并属云盘公社，设小水井大队，1980年改为磨盘山大队，1984年5月建磨盘山乡，1988年1月改为村公所，2000年改为村民委员会。
2019年12月铜都街道办事处分别析置为铜都街道办事处和碧谷街道办事处，磨盘山村民委员会自此隶属碧谷街道。