建村时间不详。
1933年设康乐设治局（1935年改设福贡设治局）龙马乡一保；1950年改设福贡县二区鹿马登村；1951年设鹿马登乡；1969年设鹿马登大队（1974年分出腊马洛大队）；1984年复设鹿马登乡；1988年设鹿马登村公所，驻鹿马登（今娃底）自然村；2000年12月村改委后，改称鹿马登村民委员会，沿用至今。
原乡政权驻鹿马登村，是村民群众自我教育、自我管理、自我服务的基层群众性自治组织，故名。