西汉元鼎六年（前111），河口属牂牁郡进桑县管辖，并在此置有进桑关。
后汉改进桑县为进乘县，南宋时期属宁州梁水郡，初唐时期属品州八称县（驻今蒙自），南诏时期属通海郡（驻今通海），宋代大理国时改通海郡为秀山郡，河口分属舍资、屈中、阿马和阿月等部，元设临安、广西、元江等处宣慰司，河口属宣慰司的阿僰部舍资千户（驻今蒙自老寨）。
明属临安府王弄山长官司（驻今文山回龙）。
清康熙四年（1665），改属开化府安平厅（驻今文山，后迁驻马关）。
光绪二十一年（1895），根据《中法条约》，辟河口为商埠，设河口副督办，隶属临开广道。
1914年，改副督办为督办，真属省府管辖。
1927年划河口为特别行政区，1949年12月25日，中国人民解放军解放河口，1950年元月1日成立河口县人民政府，隶属蒙自专区。
1950年5月13日经云南省人民政府批准改县为市，1955年又改市为县，1959年与屏边县合并，仍称河口县，1962年河口、屏边恢复原建制，1963年7月11日成立河口瑶族自治县，隶属红河哈尼族彝族自治州。