南诏时，属官桂思陀部通海都督。
宋朝时，属秀山郡。
元朝时，属元江路。
明洪武年间（1368—1398年），设瓦渣长官司（副长官职），属临安府石屏州。
清初，袭明制。
清康熙四年（1665年），改为设土舍。
清康熙十三年（1674年），瓦渣土舍治所由老博山迁此，更名甲寅。
元未、明、清初，名为瓦渣，是哈尼族土司钱氏家族辖地，为县内最大土司区。
民国二十二年（1933年），改土归流，设石屏县第六区瓦渣乡。
1950年，建县后，设瓦渣区。
1954年，更名第二区。
1958年，改为设妥垤玛依公社。
1961年，恢复甲寅区。
1970年，改为甲寅公社1984年，恢复甲寅区。
1988年2月，改为甲寅乡。
2015年10月27日，由甲寅乡改为甲寅镇。