始建于西汉建元六年(公元前135年),属堂琅县辖地。
明洪武十四年(1381年),为东川土府辖地。
明洪武十六年(1383年),为四川东川军民府辖地。
清康熙三十八年(1699年),设则补汛(那乌汛),归东川营管辖。
清雍正六年(1728年),“庚戌之变”中,娜姑土目禄良正杀以则塘兵起事,响应乌蒙彝族土酋禄万福叛乱。
鄂尔泰平定禄天佑之乱,在牛栏江东川废六营长、九伙目而置四乡八里,彝族地名全部废止不用。
民国二年(1913年),会泽地区裁东川府,改名东川县,娜姑镇属云南滇中道。
1950年7月,成立娜姑区公所和乡。
1958年,成立娜姑公社。
1964年12月,恢复会泽县,改隶曲靖地区,为会泽县辖地。
1984年,娜姑公社改娜姑区。
1987年,改娜姑镇。