元代时期，九保阿昌族乡境域为南甸路军民总管府驻地。
明代初期，改为南甸营。
明正统九年（1444年），属南甸宣抚司，为司署所在地。
清宣统三年（1911年），划归腾冲，属腾越厅。
1956年，九保、勐宋两村属腾冲县，其余属南甸宣抚司辖地。
同年11月，九保、勐宋划归梁河县，属河西区九保镇。
1958年10月22日，划归腾冲县。
1959年，成立九保公社。
1969年，改名红旗公社。
1971年，恢复大队。
1984年，设九保区。
1988年2月，改设九保阿昌族乡。