西汉属进桑县，东汉属进乘县，均隶牂牁郡。
蜀汉属兴古郡。
唐为南诏的通海都督辖地。
宋为大理国的最宁府矣尼迦部。
元初属南路总管府阿僰万户府舍资千户。
明属云南布政使八寨长官司。
元、明时期均属龙氏土司领地。
清康熙六年（1667），“改土归流”属开化府。
雍正六年（1728）置马白关。
雍正八年（1730）设马白同知。
嘉庆二十五年（1820）改马白同知为安平抚彝同知（称安平厅）。
光绪十五年（1887）都龙、猛洞等地回归中国，命名归仁里，属安平厅。
光绪三十二年（1906）安平厅自开化府移衙至马白。
民国初属蒙自道。
1913年，改安平厅为安平县，因与贵州安平县重名，1914年1月改为马关县，始得马关地名。
1948年10月，建立马关县人民民主政权，隶属云南文山专区。
1968年10月，成立马关县革命委员会。
1981年9月，撤销县革命委员会，建立县人民政府。