巧家，古称堂狼，史见于先秦，建制于秦汉。
西汉置堂琅县，属犍为郡。
东汉永初元年（107），置堂狼县，属犍为属国。
三国蜀汉分犍为立朱提郡。
南朝齐属南朱提郡，梁废县。
唐武德元年（618）置唐兴县。
南诏蒙氏置东川郡，属爨部地。
五代天福三年（938），宋大理段氏置东川大都督，后为乌蒙閟畔部地。
元初置閟畔万户府。
至元十五年（1278），改閟畔军民总管府，隶乌撒乌蒙宣慰司。
二十八年（1291），属东川路地。
明洪武十四年（1381），属东川土府，隶云南布政使司。
十六年（1383），改隶四川布政使司，为东川军民府地。
清康熙三十八年（1699），改土归流，隶云南，设流官知府，仍属东川路地。
时境属明末沿袭之马树、法嘎、弩革、巧家四火目地。
清雍正五年（1727），置会泽县，治巧家汛，县城驻地龙格（彝语弄戈，今巧家营）。
翌年，因征粮不便，移府经历分防巧家，迁东川营右军守备分扎，均驻“龙格”。
设鲁木得（今县城）、者那安居租、弩革、汤丹陈机租四汛，二十二塘，六卡。
雍正十年（1732），始建木城于“龙格”，翌年地震倾圮，十二年（1734），修复。
清乾隆五年（1740），为开浚金沙江济运巧属汤丹等地铜筋，拨四川辖属披沙二十一寨划归云南东川，另建土城于木期古（即蒙居租，金沙江外）。
十四年（1749），铜筋仍改陆运，此城遂废。
清嘉庆十六年（1811）于鲁木得（今县城）改设东川府巧家抚彝府同知，划会泽之归治、善长、向化三里及原土户所管21寨为庆成里亦归统辖，称“巧家抚彝府”。
同年修建城署。
十九年（1814），析会泽县地置巧家厅，设巧家同知，属东川府。
光绪三十一年（1905），裁撤制兵。
翌年，巧家营守备及所属各汛一并裁撤，其职由警察总局取代。
1913年废厅，改称巧家县，初属滇中道，后废道，直属省府。
翌年县局改科，废区。
1950年4月，巧家县人民政府正式成立，同时建立了新华、蒙姑、苞谷脑、荞麦地、小河、大寨6个区，5月，县属汤丹镇因成立矿区划出直属省管。
1951年11月，巧家县属金沙江左岸地区划归西康省宁南县。
1952年1月，金沙江西岸中段的景星、大同两乡和六城坝、骑骡沟等地划归宁南县；5月，金沙江上段的淌塘、青山、溜姑、黄坪、老口、松坪、铁厂等乡划归会理县。
1954年5月，成立城关镇。
同年，会泽县七区的甘冲、碧山、拖坑3乡划归巧家县。
1963年4月，巧家县杨梅山区所属河桥、水磨、杨梅山、黄草坪、白沙地、白龙磨、地得卡、树补8公社划归东川市会泽县五星区，杨梅山区移至马树，改称马树区。
1968年10月成立巧家革命委员会。
1981年3月恢复巧家县人民政府。
1970年属昭通地区。
2001年属昭通市至今。