清初，为马书伙目地，后为归治里头甲地。
民国二十八年（1939年），为四区辖地。
民国二十九年（1940年），废区，扩大乡镇，区改镇。
1950年，属包谷垴区。
1953年，由包谷垴区划出成立杨梅山区。
1962年，夏改杨梅山区。
1963年，杨梅山、河桥、水磨、黄草坪、白沙地、白龙磨、地得卡、树补8小公社划归东川市（今会泽县），改称马树区。
1969年，改马树公社。
1984年，复称马树区。
1988年，改为马树乡。
划出炉房、噜布、荒田、鸡噜、鲁德等5村加上新建的底里村另置炉房乡。
2002年9月，成立马树镇。