清朝，属归治里上五甲。
民国十九年（1930年），分属谓姑乡、鼎新镇。
民国二十八年（1939年），属七区。
民国三十三年（1944年），属勋民镇。
1950年，属五区寿屏乡。
1951年，属新寨乡。
1958年，从小河区分出成立新店公社。
1962年，改新店区。
1969年，改称新店公社并成立革命委员会。
1984年，称新店区。
1988年，区改乡，称新店乡，原区属碉楼、水井、马店3村划归六合乡。
2006年6月，撤销六合乡，原属碉楼、水井，划回新店乡。
2012年9月，撤乡设镇。