1928年，设昆明市，分市境为8个区，今区境为其时第三、第四区全部，第一、第二、第五区局部。
1941年，昆明市辖区范围扩展，今区增含其时第七、第八2区的玉皇阁、莲花池等局部地段。
1950年3月，昆明市实行军事化管理，按原8个区的建制接管，建立市区两级人民政府。
1951年，8个区合并为5个区。
其中第二、第三、第四区的大部分和第一、第五区的局部在本区范围。
1953年，行政区划再次调整。
区境为第二、第四区，改制为县级政权。
1956年9月，第二、第四区合并为五华区，因五华山而得名，五华区行政区名正式使用。
2005年，区机关迁至华山西路1号。