漠沙镇在宋大理国时，为马笼（龙）部地，隶属威楚府（今楚雄）。
元朝，元宪宗时（公元1251-1259年）立为二千户所，隶属宁州（今华宁）万户府，后改二千户所为马龙、他郎（今新化）二甸，为马龙甸地，改属元江万户府；元至元十三年（公元1276年），以马龙等甸管民官并于他郎甸（新化）置司，为司辖地，属元江府。
明朝，明洪武初改为马龙他郎甸长官司（司治仍于新化），为司辖地，直属云南布政司；明洪治八年（公元1495年），废马龙他郎甸长官司，改置新化州，为州辖地，改属临安府（今建水）。
清朝，康熙四年（公元1665年），裁新化州入新平，为县辖地，属临安府；乾隆三年（公元1738年），今黎明村瓦白果村民小组还设过世袭土千总，关圣村他旦村民小组（原址）设过土把总；清宣统元年（公元1909年）至民国二十一年（公元1932年），划为南区。
民国二十二年至二十四年（公元1933-1935年）称为第三区，民国二十五至三十七年（公元1936-1948年）改为漠沙乡、振武乡。
1949年9月，南区成立区乡政府。
1950年11月，南区改为第四区，辖区未变。
1958年12月，四区划为两个人民公社。
1959年2月，第一第二人民社会合并为漠沙人民公社。
1960年9月，漠沙公社改为漠沙农场。
1961年5月，农场改为人民公社，管理区改为大队，调整为两个公社。
1962年，漠沙、曼蚌公社合并为第四区，大队改称小公社。
1968年5月，成立区革委会。
1970年3月，区改为人民公社革委会，小公社改为大队革委会。
1983年冬至1984年初，区乡体制改革后，改漠沙公社为漠沙区。
1987年，漠沙区改为漠沙乡。
1996年9月，漠沙区改为漠沙镇。