夏禹属梁州城。
周朝属于雍。
秦始皇二十六年（前221）属西南夷夜郎部。
西汉元封五年（前106）属犍为郡朱提县地。
西晋太康二年（281）属朱提郡南广县。
南朝属宁州朱提郡河阳县。
隋开皇三年（583）郡改州统县属剑南道开边县地。
唐南诏时属爨部地。
宋属乌蒙部。
元属乌蒙路宣慰司。
明属四川府地。
清雍正六年（1728）置永善县，属云南省昭通府，县城设于米贴（今黄华镇境内），八年（1730），米贴县城被毁，县城迁至莲峰。
清光绪三十四年（1908）划出北面的副官村另设靖江县（今绥江、水富两县）。
1919年设井桧分县。
1946年取消分县。
1950年，属昭通地区；1950年4月，永善解放属昭通专区。
1951年，县城由莲峰迁至井底（现溪洛渡街道）。
1966年5月13日，划出桧溪区共14公社归绥江县，1969年4月23日，复归永善。
1970年昭通专区改为昭通地区，永善县属昭通地区。
2001年，昭通地区改昭通市，永善县属昭通市，至今。