西汉元封二年（前109），该地设“比苏”县，属益州郡。
东汉永平十二年（69）属永昌郡。
西晋永嘉五年（311）从永昌郡中划出比苏县，设置西河郡。
梁末比苏废县。
唐武德四年（621）属南宁州总管府，称尹州。
唐麟德元年（664）改属姚州都督府，仍称尹州。
唐（南诏）境内澜沧江以东属剑川节度，澜沧江以西属永昌节度。
宋（大理）属胜乡郡，称“云龙赕”，治所在今旧州。
元末设置云龙甸军民总管府，隶属金齿宣慰司，治所在今旧州。
明洪武十七年（1384）改为云龙州，授段保为土知州，属大理府。
治所在今旧州。
明正统（1436～1449）间，改属蒙化府，后仍归大理府。
明万历四十八年（1620），云龙州“改土归流”，治所仍在旧州。
明末崇祯二年（1629年）因“以盐课为要务”，州治从旧州迁至澜沧江以东沘江边的雒马井（今宝丰）。
清代属大理府。
1913年改州为县，属腾越道。
1929年改县公署为县政府，直属省，治所迁至石门。
1949年11月11日，中共云龙县工作委员会成立。
同年11月13日，云龙县人民政府成立，属保山地区公署领导。
1950年1月1日，云龙县工委、县人民政府移驻县城石门。
1956年属大理白族自治州。
1958年10月撤销云龙县，并入永平县。
1961年3月恢复云龙县，名称沿用至今。