云县古名大侯，是勐佑蒲蛮部落十三寨之一。
西汉时属益州郡哀牢地。
东汉、三国、两晋时属永昌郡。
南诏属永昌节度。
宋大理国时期为蒲蛮勐佑地，属永昌郡。
元中统间属麓川路。
明洪武二十四年（1361）设大侯长官司。
1429年升大侯御夷州。
明朝万历二十六年（1598）改名云州。
1913年7月19日改为云县。
1950年2月15日设置云县人民政府，属大理专区。
1956年8月1日改属临沧专区。
1959年1月与凤庆县合并称云凤县，同年10月两县分设，恢复云县建制，自得名后沿用至今。