建政时为云亭乡云亭村。
1956年并入蒲城乡。
合作化时，为蒲城乡云亭高级社。
1957年云亭乡恢复，复属云亭乡。
公社化时，定名云亭管理区云亭大队。
1961年属云亭公社。
1984年析出界牌村委会，同时改名云亭乡云亭村民委员会。
1992年撤乡并入沿浦镇。
2011年并入马站镇。
2019年苍南县村规模调整，云亭村、孟福林村、白蓬岭村合并成云亭村。
2016年，增设沿浦镇，归沿浦镇管辖，批准文号温政函〔2016〕23号。