据清光绪32年(公元1906年)富阳县志记载，窈口在清末属栖鹤乡。
1949年解放后属石马乡，1950年为窈口区石马乡窈口村（窈口、百庄、南塘），1956年为湖源乡窈口高级农业社，1958年为湖源公社窈口管理区，1961年为湖源公社窈口大队、百庄大队，1964年百庄大队并入窈口大队，1981年4月，百庄大队从窈口大队析出，同年11月属窈口公社，1984年3月为窈口乡窈口村、百庄村。
1993年后归属湖源乡，2007年12月行政村规模调整时重新合并为窈口村沿用至今。