九堡在1932年属杭州市第十一区第三坊，1949年，塘内为笕桥区第七坊，辖于家桥乡、宣家埠乡。
塘外是艮山区第六坊(乡)，辖艮山区禾丰乡。
自1956年4月正式成立九堡乡以来，曾先后隶属于杭州市半山联社、钱塘联社、余杭县临平区。
1956年4月于家桥乡、禾丰乡及宣家埠乡的会计、俞家、井家、格畈等村和杭县乔司区的大三乡合并建立九堡乡，隶属于杭州市人委郊区办事处。
1958年3月，隶属于笕桥区。
1958年10月建九堡人民公社，下设禾丰、于家桥、大三、大井等管理片。
1959年春，将禾丰片、于家桥片合并为九堡管理区；将大三、大井片并入大井管理区。
同年5月至1960年1月，先后隶属于半山联社和钱塘联社。
1961年5月，九堡、大井2个管理区合并，隶属于杭县，称九堡人民公社。
同年9月，从九堡人民公社抽出东良、建联、红星、冯落叶、新三胜等大队，另建大井人民公社。
1965年，将大井人民公社(其中和睦大队划归乔司人民公社)并入九堡人民公社。
1982年12月，将九堡人民公社管辖的冯落叶、新三胜、栋梁、建联、水西、南蒋、泥桥大队以及乔司人民公社管辖的和睦大队分出，复建大井人民公社。
1983年12月，分别建立九堡乡、大井乡。
1985年12月，经杭州市民政局批准、余杭县同意，九堡乡改九堡镇建制。
1996年5月8日，根据杭州市城市规划的总体部署，九堡镇划归杭州市江干区管辖。
2014年12月25日撤镇建街。
下辖杨公、蚕桑、牛田、格畈、八堡、九堡等21个社区及宣家埠、三村2个行政村。
2021年3月，因杭州市部分行政区划调整，划入上城区。