明宣德四年（1429）三月，巡抚、大理寺卿胡槩巡视江南后，以地广赋繁奏请划增县，翌年三月二十八日敕分嘉兴县东北境之迁善、永安、奉贤三个完整乡和胥山、思贤、麟瑞三乡之部分置嘉善县，定治魏塘，隶嘉兴府。
清循明制。
咸丰十年（1860）至同治二年（1863），太平天国曾在境内建立地方政权。
1912年废府，属钱塘道。
1927年道废，直属省辖。
1932年全省设12个县政督察区，属第二县政督察区，次年仍改称第二区。
1948年4月属第一行政督察区管辖。
1949年5月嘉善解放，隶属浙江省第一专员公署，11月改属嘉兴专署。
1951年3月枫泾镇区及姚家夏家两村划归江苏省松江县。
1958年11月嘉善县建制撤销，并入嘉兴县。
1961年4月重新建制嘉善县。
1983年8月，实行市辖县制，隶属嘉兴市，至今。