原万仓村以所辖自然村万丈埭、仓下组合得名。
1949年5月后称仓下村，属豹屿乡；1956年属白象乡；1958年公社化时成立仓下大队，属三山管理区；1961年属三山公社；1982年1月因重名，以该队原系仓下、万丈埭二村所成，故各取一字更名为万仓大队；1984年政社分设，改称万仓行政村，属三山乡；1992年属北白象镇。
原盈仓捕捞村以取义“仓有盈余”而名。
1955年组织渔业互助组，属白象乡；1958年公社化时，仓下与垟田两个渔业队合并称盈仓捕捞队，属三山管理区；1961年属三山公社；1984年政社分设，称盈仓捕捞队村；1992年属北白象镇。
与上垟田、中垟田、东垟田等行政村及豹屿捕捞队分辖垟田1个自然村。
2019年5月，由原万仓村、盈仓捕捞村行政区域合并设立本村。